通過共線性分析，將遺傳圖譜上的標記與初步組裝得到的scaffold進行比對，統(tǒng)計不同scaffold上的標記數(shù)目，得到不同連鎖群上被錨定的scaffold信息，一個scaffold上如果錨定兩個以上的標記，該scaffold的位置和方向均可以被定位到染色體水平。只有1個標記則只能定位到位置，方向不能確定。如果沒有錨定到標記，則該scaffold仍然不能被定位到染色體水平，說明該scaffold多態(tài)性可能較差，需要構(gòu)建更加精細的遺傳圖譜。