通常差異基因數在30-5000均屬于正常范圍，如果某些處理對樣品基因表達影響不明顯，則會出現差異基因數目偏少的問題，可通過調整差異基因篩選標準，放寬條件進行篩選。通常調整至FDR≤0.05或FDR≤0.1或FC≥1.5都可在一定程度增加差異基因數目，且參數均有文獻支持，不會影響文章發(fā)表。樣品生物學重復相關性不好也會影響差異基因的數目，這種情況下，可剔除相關性差的樣品，重新進行差異分析。