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部分合作案例展示

植物方向

柑橘數(shù)據(jù)庫谷子數(shù)據(jù)庫橡膠數(shù)據(jù)庫

合作單位：西南大學

柑橘是全世界最重要的商業(yè)水果作物之一。利用當前可用于柑橘類水果的大量基因組數(shù)據(jù)，可以開發(fā)分子標記和評估種質(zhì)遺傳關系，服務于分子育種和全基因組選擇輔助育種。在這項研究中，為方便訪問、利用和分享這些數(shù)據(jù)，該團隊開發(fā)了一個基于Web的數(shù)據(jù)庫，即柑橘基因組變異數(shù)據(jù)庫（CitGVD），這是第一個針對柑橘且專用于全基因組變異數(shù)據(jù)和分析的綜合數(shù)據(jù)庫，包括單核苷酸多態(tài)性（SNP）和插入/缺失（INDEL）。CitGVD的是一種開放獲取資源，其資源是從內(nèi)部項目和公共資源中挑選出來的346個種質(zhì)的1,493,258,964個高質(zhì)量基因組變異和84個表型。CitGVD集成了有關基因組變異注釋，相關基因注釋以及有關種質(zhì)的詳細信息，并集成了多種內(nèi)置工具來進行數(shù)據(jù)訪問和分析。例如，CitGWAS可用于具有SNP和表型數(shù)據(jù)的全基因組關聯(lián)研究（GWAS），而CitEVOL可用于遺傳結(jié)構分析。本數(shù)據(jù)庫是一個數(shù)據(jù)與工具的集成分析平臺，為柑橘的分子標記挖掘，分子標記輔助育種和分子設計育種提供數(shù)據(jù)支持。這些功能使CitGVD成為用于柑橘相關研究的綜合Web門戶和生物信息學平臺。它還為構建其他農(nóng)作物的全基因組變異數(shù)據(jù)平臺提供了范例。

合作單位：山西農(nóng)業(yè)大學

MDSi的模式體系結(jié)構可以通過搜索菜單中的基因搜索相應的注釋 (Browse → Annotation)、已知基因功能 (Browse → Functional Category) 等方式獲得所需研究的基因信息。MDSi 數(shù)據(jù)庫中收錄了 33,785 個基因的 161,844 條注釋和 4,944 個功能注釋。預測的轉(zhuǎn)錄因子和轉(zhuǎn)座子也分別分類在瀏覽菜單中。所有的搜索結(jié)果將引導用戶到目標基因的基因信息(Gene info)頁面，其中包括幾個模塊，如基因結(jié)構(GBrowse, JBrowse)、基因序列、基因表達(更新的xEFP)、蛋白質(zhì)同源物和基因注釋。

合作單位：中國熱帶農(nóng)業(yè)科學院橡膠研究所

HeveaDB數(shù)據(jù)庫主要儲存了橡膠樹4個版本的基因組草圖、1個遺傳圖譜、142個轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、49235條EST序列、30200個基因注釋、12個基因家族的信息，以及5049個IRRDB 1981’野生種質(zhì)資源材料和18328個魏克漢材料信息。并以中國熱科院橡膠研究所完成的熱研7-33-97品種的基因組數(shù)據(jù)為參考基因組，進行了二次挖掘和分析，進行可視化展示。平臺還集成了一系列生物信息學工具，以方便不擅長生物信息學的科研人員使用數(shù)據(jù)。

動物方向

蝦類數(shù)據(jù)庫貝類數(shù)據(jù)庫

合作單位：自然資源部第三海洋研究所

我國是世界上重要的淡水蝦產(chǎn)地,淡水蝦是一類生活在淡水中的節(jié)肢動物，種類非常多，常見的有青蝦、河蝦、草蝦等. Marine shrimp 數(shù)據(jù)庫中收錄了不同品種的蝦，包含了共290397條基因蛋白序列信息。

合作單位：中國海洋大學

軟體動物門是僅次于節(jié)肢動物門的第二大動物門，但在基因組學方面仍然研究較少。隨著高質(zhì)量基因組和多樣化功能基因組數(shù)據(jù)的增加，我們有望加深對軟體動物生物學和進化的理解。
為了應對軟體動物研究社區(qū)在管理龐大多組學資源方面的機遇與挑戰(zhàn)，該研究開發(fā)了MolluscDB 2.0平臺，該平臺整合了廣泛的功能基因組數(shù)據(jù)，并提供用戶友好的多層次整合與比較分析工具。MolluscDB 2.0涵蓋了來自軟體動物八個綱的1450個物種，并匯編了約4200個數(shù)據(jù)集，是目前最全面的軟體動物多組學資源。MolluscDB 2.0擴展了多組學數(shù)據(jù)的層次，包括基因組、整體轉(zhuǎn)錄組、單細胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、表觀基因組和宏基因組。此外，MolluscDB 2.0將功能模塊和分析工具的數(shù)量增加了一倍多，更新了14個原有模塊，并新增了20個專門的模塊。總體而言，MolluscDB 2.0為軟體動物研究社區(qū)提供了一個高度有價值的開放訪問多組學平臺，促進了科學發(fā)現(xiàn)，深化了我們對軟體動物生物學和進化的理解。

微生物方向

線粒體基因組數(shù)據(jù)庫 HelDB微生物數(shù)據(jù)庫海洋微生物數(shù)據(jù)庫

合作單位：四川省農(nóng)業(yè)科學院

微生物線粒體基因組數(shù)據(jù)庫專注于提供微生物線粒體的相關數(shù)據(jù)與分析資源。其核心內(nèi)容是整合了705種微生物的線粒體基因組、編碼基因、蛋白質(zhì)序列以及對應的NR注釋信息。為了便于用戶進行數(shù)據(jù)挖掘和深度分析，還集成了近10種生物信息學工具，包括用于可視化基因組關系的Circos圖繪制、展示數(shù)據(jù)模式的熱圖繪制、分子實驗所需的引物設計以及識別重復序列的RepeatMasker等，旨在為微生物線粒體的基因組學與比較研究提供一個集中的數(shù)據(jù)查詢與分析平臺。

合作單位：河南師范大學

HelDB是一個集成性的綜合數(shù)據(jù)庫，收錄了涵蓋多種植物和動物基因組的Helitron轉(zhuǎn)座子信息。

目前，大量植物和動物的基因組已完成測序，這為挖掘Helitron數(shù)據(jù)提供了契機。為了給Helitron的比較研究提供一個有用的資源，開發(fā)了一套基于HelitronScanner軟件的分析流程，系統(tǒng)地從一個包含375種植物和203種動物基因組的龐大集合中，對Helitron進行鑒定、分類和注釋。共識別出1,412,736個Helitron元件，覆蓋約12.46 Gb的序列。所有這些數(shù)據(jù)都被編入HelDB數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫提供了瀏覽、搜索和分析模塊，用戶可通過友好的網(wǎng)絡界面和相關軟件探索Helitron元件。資源及相關注釋均可方便地下載。此外，嵌入了HelitronScanner工具，以幫助用戶在線識別其自有基因組序列中的Helitron元件。

合作單位：中國海洋大學

Ocean-M數(shù)據(jù)庫整合了全球多生境、多尺度的海洋微生物多組學數(shù)據(jù)，匯集了來自全球不同海洋生態(tài)系統(tǒng)的57,000余個微生物數(shù)據(jù)，涵蓋宏基因組、宏轉(zhuǎn)錄組、宏蛋白質(zhì)組、宏代謝組等多個層次，樣本涵蓋了從極地到赤道、從表層到深海的完整生態(tài)梯度。通過統(tǒng)一的數(shù)據(jù)處理和標準化標識符，Ocean-M整合了規(guī)模最大的宏基因組（MAGs）數(shù)據(jù)，包含超過50,000個代表性微生物基因組數(shù)據(jù)，支持全球范圍內(nèi)微生物群落結(jié)構、功能特征及其空間分布的可視化展示。
Ocean-M構建了基于全息組學的生態(tài)網(wǎng)絡分析框架，整合了微生物群落網(wǎng)絡、宿主-微生物組互作及環(huán)境DNA數(shù)據(jù)集，能精確描述查詢微生物群落結(jié)構、功能特征及其生態(tài)位相互關系，實現(xiàn)了生態(tài)互作的全維度分析，為生態(tài)學研究提供了全新的視角和工具。同時，搭建了“基因組-基因功能-生態(tài)偏好”三位一體的系統(tǒng)分析框架，通過大規(guī)模的功能基因挖掘，建立了包含百萬級功能基因集合，為微生物功能基因的挖掘和生態(tài)系統(tǒng)功能解析提供了強有力的支持。

醫(yī)學方向

腫瘤藥物數(shù)據(jù)庫醫(yī)學數(shù)據(jù)庫質(zhì)粒數(shù)據(jù)庫

收錄整合NCBI,GENE CARD,COSMIC,WHO等數(shù)據(jù)庫中的藥物等相關數(shù)據(jù)信息。能快速檢索基因突變與臨床腫瘤用藥之間的關系及主要功能。

醫(yī)學數(shù)據(jù)庫收錄了miR2Disease、DiseaseMeth、ClinVar等數(shù)據(jù)庫中與人類疾病相關的數(shù)據(jù)，對于幫助我們提高疾病診治水平來說具有非常重要的意義。用戶可以通過疾病名稱進行搜索、瀏覽，為用戶提供醫(yī)療測序、分子診斷以及發(fā)現(xiàn)基因型和非臨床特性之間的關系等研究數(shù)據(jù)資料。

合作單位：中國疾病預防控制中心傳染病預防控制所

質(zhì)粒數(shù)據(jù)庫（Plasmid Database）基于NCBI收錄的天然完整環(huán)狀質(zhì)粒構建，通過分析其圖譜結(jié)構并對質(zhì)粒進行注釋，為用戶提供可視化的質(zhì)粒圖譜信息。同時，該數(shù)據(jù)庫提供序列分析功能，能夠?qū)τ脩羯蟼鞯男蛄羞M行質(zhì)粒類型鑒定、序列結(jié)構解析及注釋?；谛蛄邢嗨菩苑治?，上傳的序列可與數(shù)據(jù)庫中已知序列進行比對。

特色數(shù)據(jù)庫

互作網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫功能基因數(shù)據(jù)庫參考基因組數(shù)據(jù)庫

互作網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫專注于收錄包括編碼基因、非編碼RNA等在內(nèi)的各類生物分子之間的相互作用關系。該數(shù)據(jù)庫提供強大的搜索功能，支持通過Gene ID、Ensemble ID、LncRNA、miRNA等多種方式快速檢索到相應的互作網(wǎng)絡；并以清晰易讀的形式展示目標分子的ID詳情與功能注釋。同時，它還具備實用的頁面篩選功能，用戶可基于網(wǎng)絡結(jié)果便捷地進行數(shù)據(jù)篩查，并直接下載所需的互作網(wǎng)絡數(shù)據(jù)。

這是一個專為基因功能研究量身打造的基因搜索引擎，它整合了來自約25個數(shù)據(jù)庫的近1,700萬條基因信息，旨在提供可靠的基因查詢與分析服務。該工具集具備以下核心功能：擁有強大的搜索能力，支持通過基因名、功能或編號等多種方式精準定位目標基因；提供清晰易讀的基因報告，便捷地展示基因的詳細信息、序列、功能、表達調(diào)控及相關研究進展；并配備了實用的收藏功能，用戶可保存重要的基因與序列數(shù)據(jù)，并能直接對接分析平臺進行后續(xù)數(shù)據(jù)處理。

參考基因組數(shù)據(jù)庫是一個不斷擴展的、專門用于數(shù)據(jù)分析的標準化的參考基因組數(shù)據(jù)庫。用戶可通過多種方式檢索數(shù)據(jù)庫，如：物種中文名、拉丁文名、英文名、分類學編號（Taxonomy ID）、參考基因組編號（該數(shù)據(jù)庫的唯一標識符）、版本等。通過計算方法、人工整理、審查相結(jié)合的方式，該數(shù)據(jù)庫不斷地收錄、整理用戶提交的私有參考基因組，以及Ensembl Genome、 NCBI RefSeq、 UCSC Genome Browser、 JGI Genome Portal等公共數(shù)據(jù)庫常用的動物、植物和微生物的參考基因組數(shù)據(jù)，包括參考基因組序列、注釋，參考基因、轉(zhuǎn)錄本序列、功能注釋等。