基于已知的基因組序列和注釋信息，以新一代高通量轉錄組測序（RNA-Seq）數(shù)據(jù)作為輸入，根據(jù)測序數(shù)據(jù)與參考基因組的序列比對，識別新的轉錄位點（新基因）、新的可變剪接事

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以新一代高通量轉錄組測序（RNA-Seq）數(shù)據(jù)作為輸入，從頭（de novo）組裝轉錄本，構建轉錄組（Unigene庫），并對Unigene進行功能鑒定，以及結構和表達量分析。

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可以進行標準分析和個性化分析，其中標準分析包括：蛋白表達分析和蛋白注釋分析。設定參數(shù)后點擊提交進行分析，分析完成后在流程定制頁面下生成標準化結題報告，實現(xiàn)一鍵式

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代謝組學分析平臺基于色譜質譜等產生的數(shù)據(jù)，借助于統(tǒng)計學方法研究生物體內代謝物的變化狀況，促進對生物生理活動的理解。

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可以全局的展示多種RNA以及差異情況，對4種RNA之間進行共表達分析，ceRNA網絡構建，關鍵RNA篩選以及關鍵mRNA的KEGG整合通路網絡分析。

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基于參考基因組序列和nanopore轉錄組測序數(shù)據(jù)進行相關分析，內容包括：數(shù)據(jù)質控（接頭、低質量過濾），轉錄本結構分析（可變剪切、APA分析等）

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面向無任何生物信息基礎的科研工作者開發(fā)的集成式分析流程，其部署在高性能服務器上，可以快速完成數(shù)據(jù)質控、序列比對、SNP/InDel/SV突變檢測、突變注釋、突變基因

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可以進行標準分析和個性化分析，其中標準分析包括：物種分類分析（包括：群落結構分析、物種Heatmap、物種系統(tǒng)進化樹）、單樣品多樣性分析（α- 多樣性指數(shù)、稀釋曲線

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一款結合多年宏基因組項目分析經驗開發(fā)的一鍵式標準化集成式分析平臺：分析涵蓋了目前微生物宏基因組研究的主流分析內容，分析內容豐富全面，分析結果以結題報告的形式給出。

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一鍵式標準化基本分析和個性化多樣性分析的集成式分析平臺：通過采用三代測序技術，對微生物基因組進行測序、拼接、組裝，獲得完整微生物基因信息。

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借助一定的統(tǒng)計學方法，在全基因組范圍內尋找與表型差異相關的核苷酸變異的分析方法，在人類復雜疾病和動植物復雜性狀的功能基因挖掘中廣泛應用。

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一鍵式標準化分析和個性化多樣性分析集成式分析平臺．BSA分析，即集群分離分析，它是通過具有相對性狀的一對親本雜交，在其任一分離后代群體中，根據(jù)

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可以進行標準分析和個性化分析，其中標準分析包括：差異表達基因分析、基因結構分析、新基因分析等。設定參數(shù)后點擊提交進行分析，分析完成后在流程定制頁面下生成標準化

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miRNA的鑒定與預測；miRNA表達量分析；miRNA靶基因預測；miRNA靶基因注釋分類及富集等。設定參數(shù)后點擊提交進行分析，分析完成后在基本分析頁面下生成標準化

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差異表達基因分析、基因結構分析、新lncRNA預測及靶基因預測等。設定參數(shù)后點擊提交進行分析，分析完成后在流程定制頁面下生成標準化結題報告

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繪圖工具集成了多款數(shù)據(jù)展示工具，在方便總覽數(shù)據(jù)的同時，還可調整繪圖、交互查看。目前可繪制圖形：熱圖、韋恩圖、柱圖、餅圖、箱線圖、散點圖、點線圖、面積圖。

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使用矩陣數(shù)據(jù)文件進行熱圖繪制，可以對矩陣數(shù)據(jù)進行篩選，歸一化和聚類等處理。多用于不同樣品間基因表達水平聚類分析。

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本工具可對FASTA文件進行提取、合并、切分、統(tǒng)計等操作，適用于不同分析場景，如： 1) 組裝序列的過濾篩選； 2) 基因或其他元件的序列提?。?3) 針對不同軟件的輸入要求

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將xls/xlsx格式的excel文件轉換為tab分隔的文本文件，包含多個sheet的文件，每個sheet都會轉換為一個文本文件，文件名為sheet的名稱。

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對通過與數(shù)據(jù)庫的比對，對FASTA格式文件的序列進行功能注釋。主要關注Result/Integrated_Function.annotation.xls這個表格和KEEG分析出的代謝通路圖。

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基于局部比對算法的序列比對搜索工具。BLAST程序可根據(jù)database和infile文件序列類型自動從四種比對程序（blastn、blastp、blastx和tblastn）中選擇合適的程序。

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對給定的基因集結合注釋信息繪制GO分類富集圖、KEGG分類富集及通路富集圖，計算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關的GO term。

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根據(jù)ID列表提取fasta序列：根據(jù)給定的序列ID，到目標序列文件中提取出對應ID的序列。注意：ID文件的后綴只能是txt、list、id，且必須為文本文件

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加權基因共表達網絡分析(WGCNA)是一種從表達數(shù)據(jù)中挖掘基因模塊（module）信息的算法，可以用于分析各種表達譜數(shù)據(jù)，不僅是芯片數(shù)據(jù)，還可以用于二代測序數(shù)據(jù)得到

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數(shù)據(jù)提取類工具，提取相應ID行信息，是按照輸入文件包含的ID列表從指定的目標文件中提取相應的行。輸入文件只能為Tab分隔的文本文件，不支持excel文件。

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使用MEGA軟件構建進化樹，畫樹輸入文件，F(xiàn)asta格式，文件名必須要以.fa 或 .fas 或 .fasta 結尾。Align方法，推薦使用Muscle

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分析fasta序列的SSR(Simple Sequence Repeat)標記，用于后續(xù)的實驗分析及驗證，主要應用于轉錄本或者Unigene、CDS、EST等序列的SSR標記檢測，及標記結果的引物設計。

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