答：細菌基因組比較基因組分析，主要是分析有親緣關系的細菌基因之間的差別，通過比較基因組分析親緣遠近關系，特有和共有基因以及共線性分析等，找到差異基因，對差異基因進行功能注釋，解析近緣關系細菌間生理或形態(tài)差別的原因。